RenderQueueやRenderTypeをシェーダの外側から、つまりスクリプトから変更する方法です。
Unity2018.2
RenderQueueを変更する
スクリプトからRenderQueueを変更するにはMaterial.renderQueueを書き換えます。
// RenderQueueを書き換える material.renderQueue = (int)RenderQueue.Transparent;
これにより、Custom Render Queueの値が書き換わります。
↑ DebugモードでMaterialのInspectorを見た図です。
Materialにこれが設定されていると、シェーダのRenderQueueよりもこちらが優先されます。
RenderTypeを変更する
RenderTypeを変更するにはMaterial.SetOverrideTagを使います。
// RenderTypeを書き換える material.SetOverrideTag("RenderType", "Transparent");
これにより、String Tag Mapが書き換わります。
↑ DebugモードでMaterialのInspectorを見た図です。
Materialにこれが設定されていると、シェーダのRenderTypeよりもこちらが優先されます。